Výuka v ZS_2012/2013

Výuka v ZS_2013/2014

Výuka v ZS_2014/2015

Cíle předmětu:

Cílem předmětu je získání přehledu a praktických dovedností s metodami výpočetních metod používaných v moderním návrhu léčiv.

 

Požadavky na studenta:

Provést krátký projekt návrhu léčiva dle vlastní volby k projevení získaných znalostí, prokázat schopnost diskutovat na téma zvolené zkoušejícím.

 

Obsah:

Drug design, nebo také racionální návrh léčiv je hledání nových léčiv za pomoci znalosti biologického cíle. Jedná se o celou škálu nejčastěji počítačových technik, které mají za cíl napomoci s výběrem látek pro biologické testování. V interaktivním kurzu zkombinujeme přednášky a cvičení na počítačích schopných zobrazovat 3D grafiku tak, aby si účastníci kurzu mohli sami vyzkoušet metodiku racionálního návrhu léčiv. Zmíníme se jak o metodách vyžadujících znalost struktury biologického cíle (nejčastěji molekuly proteinu cílového receptoru), tzv. "structure-based drug design", tak i o metodách zaměřených predikci aktivity látek na základě vlastností struktury jednotlivých testovaných látek, pokud neznáme strukturu cíle, tzv. "ligand-based drug design". V první skupině je zapotřebí odhalit na proteinu místo kam se testované látky váží a zjistit jak pevně, tzv. "docking" a to pokud možno s celou databází látek, tzv. "virtual screening". V druhé skupině jde především o dedukci pravidel ze známých experimentálních dat pomocí tzv. QSAR metod. Při návrhu léčiva je dále nutné brát ohled i na jeho osud v organismu a odhadnout i jeho průnik do organismu, vliv metabolismu a odhalit i případnou toxicitu. Ne vše jsme nicméně schopni dnes předpovědět a proto se zmíníme i o limitacích jednotlivých metod drug designu.

 

Doporučená literatura:

1. Young, D.C. Computational Drug Design. Wiley, 2009.

2. Young D.C. Computational Chemistry, a Practical Guide for Applying Techniques to Real World Problems. Wiley, 2001.

3. Leach AR. Molecular Modelling - Principles and Applications (2 edition). Pearson Education, 2001.

4. Alvarez, J. & Shoichet B. (Eds.). Virtual Screening in Drug Discovery. Taylor&Francis, 2005.

 

Získané způsobilosti:

Definovat hlavní pojmy, popsat hlavní přístupy aplikované na návrh léčiv in silico metodami a jejich vyzkoušení na modelových příkladech.

 

Vyučovací metody: přednášení

 

Hodnotící metody: ústní zkouška, seminární práce

 

Garant předmětu: RNDr. Karel Berka, Ph.D.

 

Vyučující: RNDr. Karel Berka, Ph.D.

Číst předchozí                                                                                                     Číst dále